ผลข้างเคียงจากการผ่าตัดกระเพาะลดน้ำหนัก จะทำให้มีภาวะขาดวิตามินและแร่ธาตุ เนื่องจากการผ่าตัดทำให้อาหารถูกดูดซึมไม่หมด รวมทั้งผู้ป่วยทานอาหารได้น้อย อิ่มเร็ว ทำให้ต้องได้รับวิตามินและแร่ธาตุเสริม ซึ่งต้องปรับอาหารเน้นโปรตีน เสริมวิตามิน ต้องทานตรงเวลา และในช่วง 6 เดือนถึง 1 ปีแรก น้ำหนักจะเริ่มอยู่ตัว เริ่มออกกำลังกายหนักขึ้นได้
การใช้ชีวิตหลังผ่าตัด ผู้ป่วยจะต้องปรับพฤติกรรม และควรตั้งเป้าหมายในการลดน้ำหนักว่าจะลดเหลือกี่กิโลกรัม และทำให้โรคร่วมจากโรคอ้วนมีค่าเป็นปกติ ไม่หยุดหายใจ และนอนกรนในขณะนอนหลับ ทั้งนี้ หลังผ่าตัดกระเพาะ ผู้ป่วยอาจจะสามารถกลับไปอ้วนเหมือนเดิมได้ เนื่องจากกระเพาะอาหารสามารถขยายตัวได้ เพราะฉะนั้น การป้องกันไม่ให้อ้วน ย่อมดีกว่าการปล่อยให้อ้วนอีกครั้ง