ต้องทำความเข้าใจก่อนว่าการผ่าตัดกระเพาะลดน้ำหนักในปัจจุบัน ใช้เทคโนโลยีการส่องกล้องผ่าตัดที่ทันสมัย ไม่ใช่ผ่าตัดแบบเปิดหน้าท้องเหมือนในอดีต ซึ่งทำให้การผ่าตัดกระเพาะลดน้ำหนักมีความเสี่ยง เทียบเท่ากับการผ่าตัดถุงน้ำดีเท่านั้น หรือการผ่าตัดแบบปานกลางอื่น ๆ เช่น การผ่าตัดไส้ติ่ง ทำให้เสียเลือดน้อยมาก หลังผ่าตัดเจ็บน้อย ฟื้นตัวเร็ว
อย่างไรก็ตาม การผ่าตัดกระเพาะลดน้ำหนัก อาจมีความเสี่ยงจากการติดเชื้อ หากแผลเย็บที่กระเพาะอาหารเกิดการรั่วซึมอันเนื่องมาจากการตัด-เย็บที่ไม่ราบรื่น โดยวิธีป้องกันความเสี่ยงนี้ ศ้ลยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญการผ่าตัดลดน้ำหนักจะใช้เทคนิคเย็บ 3 ชั้น เพื่อป้องกันความเสี่ยงที่จะทำให้แผลเปิดได้
ผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้นหลังการผ่าตัด ในผู้ป่วยบางรายอาจจะมีอาการคลื่นไส้ อาเจียน, เกิดกรดไหลย้อน, อาการท้องผูกหรือท้องเสียที่เกิดจากการเปลี่ยนแปลงในระบบย่อยอาหาร และภาวะขาดวิตามิน โดยแพทย์จะให้ทานวิตามินเสริมทดแทน
ผู้ป่วยจะมีน้ำหนักคงที่ประมาณ 6 เดือนหรือ 1 ปีหลังจากการผ่าตัดลดน้ำหนัก โดยความน่าจะเป็นของการกลับมาอ้วนขึ้นอีกครั้งจะมีโอกาสต่ำมาก เพราะขนาดกระเพาะที่เหลือ 20% ของกระเพาะที่ตัดไป แต่ถ้าหากผู้ป่วยไม่ปรับตัวเอง ไม่ออกกำลังกาย อาจจะทำให้กระเพาะกลับมามีขนาดใหญ่ และทำให้อ้วนอีกครั้ง แต่ถ้าผู้ป่วยสามารถปรับพฤติกรรมตามแพทย์สั่งได้ ก็จะทำให้ผู้ป่วยไม่ต้องกังวลว่าน้ำหนักจะกลับมาทำให้อ้วนอีก